Franco Morbidelli si è preparato a giocarsi il primo match point per il titolo mondiale della classe Moto2 nel migliore dei modi, stabilendo la pole position nel Gran Premio di Sepang. Il numero 21 ha mantenuto l'ottimo stato di forma mostrato durante le prove libere risultando il più veloce di tutti sulla pista malese, seppure di poco.  I suoi compagni di prima fila, ovvero Miguel Oliveira e Fabio Quartararò, sono attardati rispettivamente di 26 e 72 millesimi.
 
La seconda fila è aperta da Alex Marquez che paga un decimo di distacco, dopodichè troviamo Thomas Luthi attardato di due decimi scarsi. Il pilota svizzero è stato protagonista di una caduta durante gli ultimi minuti della sessione, innescata da un high-side che lo ha fatto picchiare duramente a terra. Luthi ha lasciato la pista camminando sulle sue gambe ma zoppicando vistosamente. La seconda fila è chiusa da "Pecco Bagnaia" che paga quasi quattro decimi.
 
La seconda è aperta da Marcel Schroetter, affiancato da Brad Binder e da Takaaaki Nakagami, attardati rispettivamente di quattro decimi, mezzo secondo e sei decimi, mentre la top ten è chiusa da Mattia Pasini che con sette decimi di distacco non ha evidentemente trovato il migliore feeling col tracciato malese.